Общество не вело раздельный учет по НДС, полагая, что в спорный период размер общехозяйственных расходов не превышает 5% выручки, полученной при осуществлении деятельности, облагаемой и не облагаемой (освобождаемой от налогообложения) НДС.

Суд, установив, что бОльшая часть выручки получена Обществом в связи с предоставлением обществом займов, счел недостоверным и неполным расчет  обществом процентного соотношения  величины общехозяйственных расходов — пропорционально доле начисленной заработной платы только трех работников (юрист, экономист, заместитель исполнительного директора по финансам), исключив при этом из расчета заработную  плату сотрудников, осуществляющих общее руководство, контроль, наблюдение (руководитель, директор по финансам, главный бухгалтер и др.), а также обслуживание (инженер-программист, канцелярия, младший обслуживающий персонал, водители, электрики, вахтеры, охранники и др.) производственных процессов из не облагаемой НДС деятельности. Суд отметил, что основная доля выручки общества на протяжении двух лет состоит из не облагаемых НДС операций (получение процентов по договорам займа) и как минимум руководитель и главный бухгалтер выполняли работу по видам деятельности, не облагаемым НДС, так как участвуют в подготовке и переговорах при подписании договоров займа, а главный бухгалтер является ответственным лицом за ведение бухгалтерского учета в организации. Также неправомерно исключены из расчета общие затраты. Такое поведение признано судом признаком создания схемы финансовых показателей с целью необоснованного применения вычетов и неправомерного предъявления к возмещению сумм НДС.

Арбитражный суд Северо-Кавказского округа в постановлении от 22.07.2022 по делу № А53-29037/2021 (ООО «Агрокомхолдинг») согласился с выводами нижестоящих судов о неведении раздельного учета НДС и признал обоснованным расчет пропорции для вычета НДС (13,36 % вместо 1,3% по данным Общества).